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En la última edición de la Copa de Ferias el equipo cayó en segunda ronda ante el KSK Beveren con gran polémica arbitral en el partido de vuelta. El partido de vuelta fue el 12 de septiembre en el Camp Nou y el empate 1-1 hizo que el Valencia se proclamase campeón de la Copa de Ferias 1961-62 en su primera participación. La temporada 1971-72 supuso el debut del equipo en la Copa de Europa al ser el vigente campeón de Liga. La siguiente temporada se alcanza el subcampeonato en la Liga a solo dos puntos del Barcelona, que ganó liga y copa ese año. También ese año Mundo repitió su éxito como Pichichi con otros 27 goles y Eizaguirre volvió a ser el Zamora del fútbol español. En la Copa, al ser vigente campeón de Liga, entró directo en los octavos de final y se eliminó al Granada, y en cuartos de final al Celta. En cambio, la rabia por las finales perdidas tuvo su recompensa al conseguir la tercera Liga, la Liga de 1947, aunque hubo que esperar hasta la última jornada el 13 de abril en Mestalla ganando al Sporting y dependiendo de lo que sucediera en otros dos partidos.
Justo después conquistó su segunda Liga, la de 1944, el 26 de marzo, cuando el club celebraba su 25.º aniversario, camiseta bournemouth y de nuevo a falta de dos jornada para terminar el campeonato. El técnico Mundo dimitió tras la quinta jornada y se contrató a Joseíto para el resto de temporada, y nombró capitán al joven Juan Cruz Sol. Y eso que se adelantó con dos goles de Claramunt y Paquito, segunda equipacion psg pero empataron los azulgranas con dos tantos y además Sol fue expulsado tras protestar el segundo tanto culé. Tanto fue así que el delantero valenciano Ricardo Alós lograba el trofeo Pichichi con 19 goles (empatado con Badenes y Di Stéfano) y Goyo el trofeo Zamora. No pudo estrenarse mejor al empezar eliminando al Nottingham Forest con un 2-0 en Mestalla (con Waldo anotando los dos primeros goles europeos en la historia del club) y un contundente 1-5 en Inglaterra, y posteriormente al Lausanne suizo, al potente Inter de Milán (con doblete de goles del joven canterano Guillot en la ida) y al MTK Budapest en semifinales con dos goleadas por 3-0 y 3-7 (con tres goles del uruguayo Héctor Núñez, dos de Waldo y otros dos de Guillot). La ida se disputó el 8 de septiembre de 1962 en Mestalla y terminó con un histórico 6-2 con tres goles de Guillot, dos de Nando Yosu y uno de Héctor Núñez.
Con los Red Devils ganó tres títulos, entre los cuales destaca una Liga Europa. El técnico Joseíto, junto con su segundo entrenador José Blanes, renovó por una temporada pero tras cinco jornadas fue destituido por un malísimo arranque en Liga y por la eliminación en primera ronda de la Copa de Ferias, pero luego con Salvador Artigas y Enrique Buqué se alcanzó la final de Copa de 1970 tras eliminar a Osasuna, Granada, Ferrol y Zaragoza. Kylian Mbappé partió desde el banquillo en la victoria del PSG ante el Le Havre por 2-0 en el debut de Luis Enrique como entrenador. Para cerrar la mágica década de los años 40 el club fichó al que fue uno de sus entrenadores que más partidos dirigirá a los valencianistas en toda su historia y también uno de los que más títulos levantó, el vizcaíno Jacinto Quincoces, que fue seleccionador nacional y entrenador del Zaragoza y del Real Madrid. Durante la temporada los malos resultados hicieron que también dimitieran Eduardo Cubells y el entrenador Luis Miró, al que sustituyó hasta final de temporada el querido Jacinto Quincoces, que casi mete al equipo en la final de Copa.
Fue el tercer título del técnico Jacinto Quincoces en su quinta temporada. El 12 de junio de 1959 fue nombrado presidente honorífico del club ante la ovación de toda la junta general de socios. En marzo de 1959 se inauguraba la iluminación eléctrica de Mestalla, pero con el final de esta década terminaba un ciclo en el valencianismo con la marcha del legendario Puchades a los 32 años tras 12 temporadas en el club y con la dimisión del presidente Luis Casanova tras una presidencia de casi 19 años (fue el presidente que más títulos ha celebrado y partícipe en la remodelación del estadio). Esta década empezó con la marcha de dos leyendas como Waldo y Guillot, y un año después la de Roberto Gil, y con las llegadas del argentino Óscar Rubén Valdez, Pellicer, Uriarte, Adorno y Quino. El Madrid, que tenía a Tchouaméni en el radar desde el año pasado, reactivó la operación tras la negativa de Kylian Mbappé a fichar por los blancos. En semifinales esperaba el Real Madrid, recién campeón de la liga en la última jornada con un Valencia subcampeón. Se ficharon dos fichajes de nivel como Salif Keita y Kurt Jara, pero el mal papel en Liga provocó una gran crisis.