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El sábado 10 de noviembre de 2012 el mexicano anota ante el Aston Villa otro doblete más. En el juego ante el Aston Villa sufre una lesión, en el minuto seis del primer tiempo cuando sin tener contacto con ningún oponente, el tobillo izquierdo se dobla y cae al suelo con un intenso dolor evidente, después del partido, Sir Alex Ferguson dijo que había sufrido daños en el ligamento del tobillo y será baja durante cuatro semanas. El 28 de agosto de 2018, Hernández marcó el tercer gol de West Ham en el tiempo de descuento de una victoria por 3-1 sobre el AFC Wimbledon en la segunda ronda de la Copa de la Liga. Hernández entró en el segundo tiempo y al minuto 76 consiguió la anotación. Actualmente cada minuto 21 (dorsal que llevaba) de cada partido la afición perica le rinde un homenaje aplaudiendo y cantando su nombre. El delantero inglés, que deslumbra en sus primeros meses en Múnich con 19 goles y siete asistencias, buscar levantar su primer título. Volvería a la tabla de puntajes el 16 de marzo, llegando como sustituto de la segunda mitad y anotando dos veces ante el Huddersfield para remontar el partido de un 2-3 a un 4-3 en los últimos siete minutos del encuentro.
Anotaría su primer hat-trick en 15 minutos por la Bundesliga el 12 de diciembre en la goleada 5-0 frente al Borussia Mönchengladbach llegando a 15 goles en 12 partidos. Cuatro días más tarde, marcó su primer gol en el partido de la fase de grupos de la Liga de Campeones de la UEFA ante el BATE Borisov anotando el tercer gol en la victoria 4-1. El 23 de septiembre anotó su primer gol en la Bundesliga en la victoria por 1-0 sobre el Mainz, también fue nombrado el Jugador del Partido. En el primer partido de la temporada marcó y dio una asistencia en la victoria del de su equipo 2-1 sobre el SC Hauenstein en la primera ronda de la DFB-Pokal el 21 de agosto de 2016. Dos días más tarde, se informó que Hernández se perdería el primer partido de Bayer de la temporada contra el Borussia Mönchengladbach después sufrir una fractura en la mano.
Ocho días después el 6 de marzo de 2011, Hernández anotó el único gol de su equipo. Cuatro días después el 29 de enero, Hernández anotó su primer gol de la FA Cup para el Manchester United, cuando anotó el gol ganador en una victoria 1-2 sobre el Southampton. El 1 de enero de 2013, el mexicano se estrena en año nuevo marcando un doblete y asistiendo con un pase de gol en la victoria 0-4 contra el Wigan. El 5 de enero de 2014 anotó un gol en la derrota del Manchester United 1-2 en casa frente al Swansea City, quedando eliminados de la FA Cup. El 12 de mayo anota contra el Swansea poniendo el marcador 1-0 en la despedida del técnico Alex Ferguson. El 8 de mayo de 2011, Hernández anota el gol más rápido de la temporada de la Premier League, a los 35 segundos de juego ante el Chelsea, juego que término 2-1 favor Manchester United. A lo largo de la temporada 2008-2009 se especuló con la posibilidad de que Florentino Pérez se volviese a presentar como candidato en las elecciones presidenciales previstas para el 14 de junio de 2009, lo que finalmente se confirmó el 14 de mayo.
El delantero inglés ha descartado la posibilidad de marcharse traspasado al Bayern de Munich, según informa The Sun. El 24 de julio de 2017, Hernández se unió al club inglés West Ham United firmando un contrato de tres años. En septiembre, el gerente del West Ham, Manuel Pellegrini, declaró que Hernández sufría de fiebre glandular, lo que le hizo perder varios partidos, se recuperaría y volvería a entrenar en octubre. En noviembre, Hernández sufrió una lesión en el tendón de la corva mientras estaba de servicio internacional con México, y se informó que sería excluido de la actividad por hasta dos semanas. El 3 de noviembre, marcó su primer gol de la Premier League de la temporada en la victoria 4-2 de West Ham sobre Burnley. Tras el despido de Slaven Bilić y el nombramiento de David Moyes como gerente, se temía que Hernández fuera excluido en West Ham como lo estaba en el Manchester United. En respuesta, Moyes se refirió a él como un «máximo goleador» y «un brillante finalizador».